Do lập được chiến công hiển hách trong chiến tranh với Hung Nô nên Vệ Thanh liên tiếp được hậu thưởng. Đến cuối đời, phong ấp của ông đã lên tới 20200 hộ[9].

Những năm cuối đời, Vệ Thanh cũng tiếp tục được thăng chức và mở rộng quyền hành. Năm 117 TCN, Hán Vũ Đế bỏ chức thái úy, giao luôn cho Vệ Thanh (đang làm Đại tư mã) quyền Thái úy[10], quyền lực ngang bằng với tể tướng. Hán Vũ Đế còn muốn các đại thần bái lạy Vệ Thanh[11] nhưng đại thần Cấp Ảm không chịu. Vệ Thanh thấy vậy chẳng những không giận mà còn kính trọng Cấp Ảm.

Năm 106 TCN, Vệ Thanh lâm bệnh qua đời, được truy tặng thụy hiệu là Trường Bình Liệt hầu. Tính từ khi được sung vào cung năm 139 TCN đến khi mất, ông hoạt động được hơn 30 năm, không rõ bao nhiêu tuổi. Thi hài ông được an táng cùng Bình Dương Công chúa ở núi Tượng Lô.

Từ sau cái chết của Vệ Thanh, Vệ hậu và thái tử Lưu Cứ mất đi chỗ dựa, bị các quần thần tìm cớ hãm hại[12]. Kết quả là năm 91 TCN, vụ án Vu Cổ xảy ra, Hoàng hậu và thái tử đều bị hại sau án Vu Cổ. Con trai ông là Vệ Kháng (được kế tập tước hầu) cũng bị vu khống là có dính dáng vào việc này nên cũng bị giết. Hai người con còn lại cũng bị liên lụy và bị tước bỏ tước vị. Mãi đến đời Hán Tuyên Đế, gia tộc họ Vệ mới được phục hồi lại thân phận. Sang đời Hán Bình Đế, người chắt của Vệ Thanh là Vệ Huyền được phong chức Thị trung và Quan nội hầu.